擅自离职扣工资是不合法的。根据《中华人民共和国劳动法》的规定，用人单位应当按照劳动合同的约定向劳动者支付工资，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果劳动者擅自离职，用人单位仍然应当按照约定支付其应有的工资，不应该扣发其已经工作的天数内的工资。

此外，用人单位还应当遵守相关的法律法规和规章制度，不得随意解除劳动合同，更不得对劳动者进行罚款等处罚。如果用人单位违反了相关的法律法规和规章制度，劳动者可以向劳动监察部门投诉举报，维护自己的合法权益。

总之，用人单位应当遵守相关的法律法规和规章制度，尊重劳动者的合法权益，不得随意扣发劳动者的工资或者进行其他形式的处罚。如果用人单位违反了相关的规定，劳动者可以采取相应的措施维护自己的合法权益。

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